Sembra che il cacao abbia molti effetti benefici sull'organismo. Recentemente, la ricerca si è concentrata sui polifenoli, ed in particolare sui flavonoidi, in quanto sostanze caratterizzate da un forte potere antiossidante e quindi con la capacità di contribuire al buon stato di salute dell'apparato cardiovascolare.
Gli antiossidanti, infatti, sono una delle principali difese dell'organismo contro le lesioni provocate dai radicali liberi, cioè molecole dannose generate nei processi di metabolismo dell'organismo. Oltre alle proprietà antiossidanti, i benefici dei flavonoidi sull'apparato cardiovascolare sono stati attribuiti anche all'apparente capacità di inibire l'attivazione e l'aggregazione delle piastrine, cioè delle piccole cellule responsabili della formazione di trombi.

In uno studio recente è stato dimostrato che il consumo di una bevanda al cacao ricca di flavonoidi, in soggetti sani, è in grado di inibire l'attività piastrinica e di aumentare il lasso di tempo che il sangue impiega per coagularsi. Attualmente infatti, le malattie coronariche come l'aterosclerosi (formazione di placche sul rivestimento delle arterie, con conseguente restringimento delle stesse) e la trombosi (formazione di coaguli ematici pericolosissimi per la circolazione sanguigna in quanto occlusivi) dipendono da fattori agenti sulla funzionalità vascolare.

Se prima la convinzione era che anche i grassi contenuti nel cioccolato potessero esercitare un effetto dannoso per il sistema cardiocircolatorio, si è invece rilevato che l'assunzione di cioccolato al latte (sino a 240g al giorno) non provoca alcun innalzamento della concentrazione del colesterolo. Questo probabilmente avviene perché il grasso contenuto nel cioccolato stesso (derivante dal burro di cacao) contiene degli acidi (stearico, palmitico e oleico) che non solo esercitano un effetto neutro, ma addirittura riducente del colesterolo.