Per quasi tutto il Cinquecento, la scoperta di Cortéz rimase un grande "affare" della corte spagnola che riuscì a mantenere il segreto della produzione della cioccolata. Il 1609 rappresenta la data di pubblicazione del primo trattato scritto esclusivamente sul cacao: si chiamava "Libro en el cual se trata del chocolate" e fu pubblicato in Messico.

Il cioccolato si diffuse inizialmente in Spagna, ma fu in Toscana che si cominciarono ad aggiungere alcuni ingredienti particolarissimi come le scorze fresche di cedrata e limoncello, oltre agli aromi di gelsomino, cannella, vaniglia, ambra e muschio. Le dosi erano un segreto di stato che l'ombroso e geniale principe Cosimo de Medici custodiva assai gelosamente nella cassaforte della Fonderia di Palazzo Pitti.

In seguito, il cioccolato giunse in Francia, dove venne portato grazie al matrimonio celebrato, nel 1615, tra la Principessa di Spagna Anna d'Austria (figlia di Filippo III) e Luigi XIII di Francia.
Si tramanda, infatti, che la nuova sovrana avesse portato con sé, insieme al suo bagaglio, l'attrezzatura per preparare la cioccolata, che poteva, fra l'altro, essere usata da una sola damigella di corte, la sua preferita. Diluito non più con l'acqua ma con il latte, prese il nuovo nome di "cioccolatte" e, negli ambienti di corte, veniva preparato con un vero e proprio cerimoniale, possibilmente da un cameriere moro, come usava fare il Cardinale Mazarine.

Dalla Francia, i semi di cacao vennero introdotti in Piemonte, terra che diede i natali a molti artigiani i quali fecero diventare Torino, a partire dalla fine del XVII secolo, la capitale italiana della cioccolata.

La diffusione della cioccolata si deve al duca Emanuele Filiberto di Savoia, focoso amatore, giocatore d'azzardo, cacciatore, nuotatore e bevitore di vini forti nonché generale degli eserciti spagnoli agli ordini dell'imperatore Carlo V; ma la prima licenza italiana per aprire una bottega di cioccolateria è della fine del Seicento e più precisamente risalirebbe al 1678, quando Giò Battista Ari venne autorizzato, ricevendo il primo brevetto di Casa Savoia, ad esercitare l'arte del cioccolatiere. E proprio dagli ambienti della corte sarebbero provenuti i primi fabbricanti e venditori di cioccolata.

I Gesuiti diedero il via libera all'uso della cioccolata in Chiesa, e contribuirono al commercio tra l'America latina e l'Europa dove il "cioccolatte" si diffuse velocemente: alla bevanda, infatti, venivano attribuite doti taumaturgiche, medicinali e persino afrodisiache.

Quando venne celebrato il matrimonio fra Luigi XIV, il Re Sole, e Maria Teresa, anch'essa Infanta di Spagna, la sposa introdusse l'abitudine di bere cioccolata in tazza al risveglio e durante le udienze, e ciò dette massima popolarità alla bevanda venuta dal Nuovo Mondo. I Dominicani, appartenenti ad una tradizione religiosa più severa e rivaleggiante con quella della Compagnia di Gesù, si opposero alla diffusione della cioccolata adducendo, come pretesto, il fatto che essa potesse riscaldare eccessivamente il sangue. Il Vescovo di Chiapa addirittura, nel 1630, poiché era costume che i fedeli bevessero cioccolata persino durante lo svolgimento della messa, arrivò a vietarne l'uso "pena la scomunica": proibizione che gli risultò essere alquanto "amara" ... dato che fu proprio un fedele ad assassinarlo con del veleno versato ... proprio in una tazza di cioccolata!

Il primo emporio per la vendita del cioccolato venne aperto a Londra, da un francese, nel 1657. Divenne immediatamente un frequentatissimo luogo d'incontro alla moda; qui, l'élite londinese assaporava la nuova lussuosa bevanda, servita in raffinate cioccolatiere d'argento.
Nel 1659 il cioccolato giunse a Roma, ma il Papa Pio V lo trovò disgustoso. Il fatto di bere cioccolato tuttavia non venne condannato dalla Chiesa che, anzi, nel 1669, attraverso il Cardinale Brancaccio (che gli dedicò anche un'ode) sentenziò che anche per il cioccolato si poteva applicare il detto salomonico "Liquidum non frangit jejunum" vale a dire che non costituiva peccato durante il digiuno. Ma chi ne consumava doveva poi confessarsi e chiedere indulgenza a Pasqua.

Nel 1660 un uomo chiamato Helmann Pedro Bravo do los Camerinos, stanco di compiere viaggi in America per convertire al Cattolicesimo le popolazioni indigene, si stabilì definitivamente alle Filippine: e nacque la più grossa piantagione di cacao di quei tempi.

Al 1671 risalirebbe, invece, l'invenzione del primo cioccolatino: un aiutante di cucina, versando per sbaglio dello zucchero caldo su alcune mandorle, avrebbe creato involontariamente un nuovo alimento, tanto gustoso che il Duca di Plesslin-Praslin, una volta assaggiatolo, avrebbe poi deciso di chiamarlo con il suo nome. E fu così che nacquero le "praline".

In Inghilterra, nel 1674, un caffè londinese iniziò a proporre il cioccolato anche sotto forma di torte e pasticcini, denominati "alla spagnola".

Verso la fine del XVII secolo, a Torino si sarebbero addirittura prodotte 750 libbre di cioccolato al giorno, cioè 350 kg, che in parte venivano esportate: è perciò Torino che ha dato all'Europa (Svizzera compresa) la ricetta del cioccolato. Tant'è che solo nel 1697, il sindaco di Zurigo, Heinrich Escher, tornato in patria dopo avere assaggiato il cioccolato durante un suo viaggio a Bruxelles, avrebbe deciso di introdurre il cioccolato in Svizzera; ma questa è un'altra storia...